Lelyveld aposentou-se uma semana antes dos ataques terroristas de 11 de setembro de 2001, e a cobertura da maior história do novo século coube ao seu sucessor, Howell Raines, um ex-repórter político obstinado e editor da página editorial. A equipe de Raines ganhou um recorde de sete Pulitzers em 2002, seis por seu trabalho no 11 de setembro. Mas um ano depois, o Times foi atingido por um escândalo que levou a um encore provisório de Lelyveld.
Em junho de 2003, após semanas de angústia devido às revelações de fraude jornalística e plágio por parte de um repórter, Jayson Blair, e às demissões do Sr. Raines como editor executivo e de Gerald M. Boyd como editor-chefe, o Sr. o editor, Arthur Sulzberger Jr., voltou a trabalhar para restaurar a calma e a credibilidade à reputação prejudicada do jornal até que um novo líder pudesse ser nomeado.
Traumatizados pelo escândalo e exaustos pelas exigências de Raines por uma maior produção, a equipe acolheu com satisfação o retorno de Lelyveld, que professou alguma relutância, tendo embarcado em uma nova carreira escrevendo livros e artigos freelance. Seis semanas depois, Bill Keller, colunista e ex-correspondente do Times que havia sido editor-chefe de Lelyveld e escolhido como sucessor, foi nomeado editor executivo.
“Joe dirigia uma redação excelente e, com ele, produzimos um jornal excelente”, disse Sulzberger a Stephen J. Dubner para um perfil de 2005 do Sr. Lelyveld na revista New York. “Com ele entramos na era digital, quebramos barreiras de circulação, barreiras publicitárias, ganhamos uma infinidade de prêmios. Foi Joe quem reuniu o talento que agora impulsiona o jornal. Ele era um ótimo editor.”
Postagens estrangeiras
A reputação de Lelyveld como jornalista já estava garantida muito antes de ele escrever “Move Your Shadow” (1985). Explorando as provações e os absurdos do sistema de apartheid de separação racial da África do Sul, o livro baseou-se nas suas duas viagens de reportagem em Joanesburgo, a primeira em 1965-66, quando foi expulso após 11 meses por um governo descontente com o seu trabalho, e uma segunda de 1980 a 1983.